ARSE fue fundada el 16 de junio de 1998, tras la aprobación, en 1997, de la Ley Provincial N°3184, que autorizó su creación. La empresa desempeña un papel crucial en la gestión y mantenimiento de estas importantes infraestructuras de la provincia, en colaboración con el Departamento Provincial de Aguas (DPA).
Ese mismo año, ARSE obtuvo la concesión para proporcionar los servicios de agua potable y saneamiento, así como los servicios de riego y drenaje no delegados a consorcios u otros terceros.
En 1999, con el objetivo de proporcionar mayor flexibilidad en la gestión de la empresa, se aprobó la Ley Provincial Nº 3309, que estableció la constitución de Aguas Rionegrinas Sociedad Anónima (ARSA), para prestar el servicio de agua potable y saneamiento. Como resultado, el 1 de diciembre de 2000, ARSE transfirió el contrato de concesión de esos servicios a favor de ARSA.
Un año más tarde, la empresa reforzó su enfoque en la prestación del servicio público de riego y drenaje, mediante la aprobación del contrato de concesión establecido por la Resolución DPA Nº 756/01.
Desde 2004, asumió la operación y mantenimiento de las centrales hidroeléctricas de generación menor Julián Romero, César Cipolletti, Julio A. Roca y Guillermo Céspedes, y en 2011 se inauguró la central Salto Andersen, en Río Colorado, convirtiéndose en la quinta hidroeléctrica operada por la empresa.
Su presidente, Fernando Curetti, destacó la labor realizada por la empresa a lo largo de estos 25 años, en colaboración con el Departamento Provincial de Aguas, enfatizando la importancia de su papel como una herramienta esencial para la prestación eficiente de los servicios de riego y drenaje no consorciados, así como para la operación de las centrales hidráulicas.
Asimismo, expresó un cálido saludo a todos los colaboradores y colaboradoras, y a todas aquellas personas que han formado parte de la historia de la empresa y del organismo.